그간, 반대단체는 하천법, 건설기술관리법, 한국수자원공사법, 문화재보호법, 환경영향평가법, 국가재정법 등 관련 법령 위반을 주장하였으나, 이전의 6차례 판결에서는 위법이 없음이 선고된 바 있다.
이번(낙동강 2심)에 위법하다고 지적된 국가재정법령 부분(보, 준설 등 재해예방사업에 대한 예비타당성 조사 면제)에 대해서도 지난 6차례 판결에서는, 예비타당성조사는 행정계획인 예산 편성을 위한 행정부의 내부절차일 뿐이므로, 설령 하자가 있다 하더라도 곧바로 낙동강 하천공사시행계획의 하자가 될 수는 없고, 또, 국가재정법 시행령이 모법의 구체적인 위임사항을 규정하였음이 명백한 점, 사회적 상황 변동이나 국방, 재해예방 등 긴급 필요에 따라 예비타당성조사 제외사업을 탄력적으로 정할 필요가 있는 점,현대사회에서 재난이 대형화?복잡화되는 양상을 나타내고, 재난의 예방?복구가 상호 유기적이며 순환적인 성격을 가지고 있는 점 등을 감안할 때,예비타당성조사를 생략할 수 있는 사업을 다소 폭넓게 인정하고 있다 하더라도 이를 두고 국가재정법 시행령이 모법의 위임범위를 벗어나 무효라고 할 수 없다고 했다.
한편, 준설과 보 설치 등이 재해예방 목적으로 시급히 필요한 사업이 아니라는 주장에 대해,준설과 보의 설치 등으로 홍수위가 낮아질 뿐만 아니라 수위를 조절하여 홍수 피해를 줄일 수 있고, 보를 통해 가뭄피해를 예방할 수 있으며,우리나라에서 이러한 재해예방 시급성이 없다고 단정할 수 없어 결론적으로 국가재정법 위반이 아니라고 판단한 바 있다.
국토해양부는 13일 상고장을 제출하면서 이번 판결로 사업 추진에는 문제가 없지만, 4대강 사업이 국가재정법령을 위반하지 않고 적법하게 추진 중임을 상고심을 통해 최종 확인을 받겠다고 밝혔다.
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